硕士论文查重系统在识别自我抄袭时，主要通过比对论文中的文字内容，检测是否存在与作者其他作品相似的段落或句子。系统会分析论文的语言风格、词汇搭配、句式结构等特征，同时结合数据库中已有的文献信息进行比对。此外，系统还会检测论文中的引用部分是否符合规范，并排查可能存在的自我抄袭行为。通过这些方法，硕士论文查重系统能够较为准确地识别出自我抄袭现象。

另外，硕士论文查重系统还会利用文本相似度算法来对论文进行比对，判断是否存在大段文字与其他文献高度相似的情况。系统还会关注论文中的重复内容、格式规范等方面，以辅助识别自我抄袭行为。同时，一些高级的查重系统还会采用人工智能技术，通过深度学习等方法提高自我抄袭检测的准确性和效率。综合利用这些技术手段，硕士论文查重系统能够有效识别出可能存在的自我抄袭问题，帮助作者规范学术写作行为。